לבוגרי התכנית, המעוניינים בהמשך לימודים אקדמיים, מוצעים שני מסלולי לימוד:
א.מסלול צבירת קורסים - למידת קורסי שנה א′ של המחלקה למתמטיקה באוניברסיטת בר-אילן, אוניברסיטת חיפה ובשלוחות של אוניברסיטת בר-אילן במהלך שנות הלמודים של כתות יא′ – יב′. סיום שנת לימודים אקדמית ראשונה במתמטיקה, מקנה לתלמיד יתרון גם בלימודים אחרים במדעים או בכל תחום אחר הדורש רקע מתמטי. קורסי שנה א′ הם: "חשבון אינפיניטסימלי", "אלגברה לינארית" ו"מתמטיקה בדידה".
6 ש"ש ראשונות בכל אחת משנים אלו ניתנות לתלמידנו בהנחה של 50% משכר הלימוד באוניברסיטת בר אילן בלבד. כמו-כן, בשנת תשס"ט נפתח מוקד בחיפה בשיתוף אוניברסיטת חיפה,המציעה לימודי המשך אקדמיים לבוגרי התכנית.
ב.מסלול מואץ לקבלת תואר ראשון ( במתמטיקה עיונית, מתמטיקה לטכנולוגיות עיליות או מתמטיקה-פיסיקה כמקצוע דו ראשי)  שנה אחרי התיכון - המרכז הישראלי לקידום מדעי המתמטיקה בשיתוף המחלקה למתמטיקה באוניברסיטת בר-אילן קיבל אישור מיוחד מהצבא למסלול בו בוגרי התכנית ילמדו במשך כיתות יא′ ו-יב′ מחצית מהדרישות לתואר ראשון ויקבלו דחית שרות של שנה מהצבא על מנת לסיים את התואר בשנה שאחרי יב′. נבנתה עבור בוגרי התכנית מערכת מיוחדת המותאמת לתלמידים אלו המשלבת לימודים במסגרת זו עם לימודי התיכון.

כיום, רובם המוחלט של בוגרי התכנית, הממשיכים ללימודים אקדמיים מיד בסיום התכנית התלת שנתית, בוחרים במסלול המואץ לקבלת תואר ראשון על אפשרויותיו השונות.

בשני המסלולים המחלקה למתמטיקה באה לקראת תלמידים אלו ביחס אישי ובקביעת לוח זמנים של הקורסים.